江戸時代は幕府の方針として、寺院は本寺末寺の関係で支配された。幕府は各宗本寺の勢力を強化し、それを通じて末寺を中央に吸収した。末寺は殆んど絶対に本寺に服従しなければならなかった。
つまり、末寺住職の任免、上人号等の執奏、異動の取締、訴訟願届の添状等すべて本寺の権力内にあった。
幕府は寛永九年（1632）九月から十年にかけて諸宗に命じて各寺院の末寺を書き上げて提出させた。いま『諸宗本末帳』として内閣文庫に所蔵されているが、その後も何回か末寺改めをしている。宝金剛寺は本寺として末寺三拾一ヶ寺を有した。従って本末関係の記録が数多く残されている。

慶長十八年（1613）、関東真言宗諸本寺充てに出された「関東真言宗法度」の文書が寺にある。
初めの三項目は学問の奨励、次の二項目は本寺末寺制度の確立であって、本寺の命に背いてはならない。また本寺の了解を得ないで末寺に居住してはならないことを法度として定めている。
寺院の法度は家康が駿府に居を定めて政をみるようになって次々と出され、慶長十三年（1608）にはじまり元和元年（1615）に完成した。

元禄十四年（1701）の「宝金剛寺末寺掟」がある。これは御公義の法度を堅く守るべき事という条々を末寺三拾一ケ寺に示し、末寺各寺院は後日のためと連署して黒印を押している。
これは御公儀の法度は堅く守ること。仏事・祭礼は怠らず勤めること、法要に着用する衣帯のこともこまかくとり決めている。
内閣文庫所蔵の寛永十年「関東真言宗古義本末帳」には、宝金剛寺末寺三拾一ケ寺（ここでは三拾ケ寺）が記されているが、幕府は延享二年（1745）・天明七年（1787）・寛政三年（1791）など何回も本末帳を提出させている。

ここでは寺に残る延享二年の本末寺改めを記しておこう。冊子で「本末帳」とあり、第一頁は本寺、宝金剛寺のこと。
三拾一ヶ寺の末寺は寛永八年の江戸時代の初期からいまの小田原市を中心に、東は平塚市、西は南足柄市にわたっていた。本末の関係は昭和までつづいた。また本寺を中心に法談が行われた。
法談については慶長十四年（1609）「関東真言宗古義諸寺家中法談之事」、享保九年（1724）三月廿一日「定（法談役所化二付）」、天保十五辰年（一八四四）三月廿一日「法談役出勤控」など、これに関しての寺蔵の文書も多い。

また、明和四年（1767）七月、安永九年七月の両度にわたる「宗門并鉄炮御改証文」、寛政八年（1796）三月の「宗門改帳」などがある。「宗門并鉄炮御改証文」は全末寺から本寺の宝金剛寺に差し出されている。「御法度の宗門の者は一人も御座無く、寺関係の者で鉄炮所持の者は勿論預かっている者もいない」という証文である。

平重盛が本尊地蔵菩薩の霊験に感じ、十一貫二百文の荘園を寄附したことを前述した。治承二年のことである。これが後北条氏の時代にも引きつがれている。後北条氏は度々の検地を行った。天正十四年（1586）三月七日・十三日・十六日と相ついでの宝金剛寺充ての文書がある。

三月七日のものは、「掟」として諸役免除、樹木安堵のことを定めた北条氏の印判状で、奉行人板部岡江雪から宝金剛寺へ北条氏の虎ノ朱印が押してある。
三月十三日、これは同じ板部岡江雪から寺領についての「副状」である。内容は、先年行われた検地にも三年前の御改めの帳面にも本途（年貢）については異議はなく、本増共に拾壱貫二百文の寺領と諸役を前々の如く安堵するというもの。
そして十六日、城主北条氏直が宝金剛寺の寺領安堵を承認した判物を寄こしている。

江戸時代には、家康が護摩堂領として弐拾弐石を寄進した。
「寄進護摩堂　相模国西部国府津之内弐拾弐石之事　右如先規令寄附畢　弥守比旨可抽武運長久　懇祈之状如件　天正十九年辛卯十一月　日　大納言源朝臣御書判」
そして二代秀忠から家茂まで代々将軍の朱印状を受けて寺領を安堵している。

江戸時代にはいままでの貫高制が石高制にと変った。徳川の代になり新しい支配者から寺領の安堵を受けることは、寺の経済・維持のためにも急務であったし、幕府も度々検地を行った。従って江戸時代には、寺の由緒書・寺領朱印地の書出し・田畑水帳等、何回も奉行所を通じて幕府に提出している。

現在、寺に明治十三年の神奈川県印の地券が八十枚ほどある。明治初期の土地所有確認書で一筆毎に畝歩・地価・地租等が書かれている。寺領の名残りである。昭和になり戦後の農地改革で田畑約七町歩を解放した。
さて境内寺地であるが、寛政二年（1790）に寺社奉行所へ出した覚がある。
というもので、この本の裏見返しに使った絵図がそのとき差出した図(下図）である。寛文三年の鋳鐘をかけた鐘楼があったが、この図には入っていない。


古絵図はいくつかあるが、天保四年（1833）の絵図では薬師堂が西に移り、寛政二年図で壱万九千弐百余坪あった境内が江戸末期には三千坪になっている。大体現在の広さである。
また明治三十八年の絵図、表見返しの図（click）であるが、これには大正十二年の関東大震災でくずれ去った経蔵・土蔵なども描かれているが、薬師堂がなく略されている。薬師堂が現在の本堂で、この建物は天明大地震のあと天明六年（1786）に再建されたもの。さらに昭和十年、諦辨代に改修された。
現在の庫裡は寛政十二年（1800）の再建。棟札で確認された。昭和三十四年、当代に改修。本堂と同様、柱・梁等などは、天明・寛政時のものである。

さて、歴代住職のことであるが、代々の住職の位牌の中に、世代順に住職の名を記した大きな位牌が二つある。
一つは、梵字の下、中央に「當寺前住大和尚位」とあり、左右に住職の名が記されている。横三十センチ、縦八十センチ、厚さ三センチ余、黒塗りで、梵字と位牌の回りは金で縁どりされている。
古くて薄れたところもあるが、文字は彫ってあるので、よく読める。裏に「寛文十一壬子天　聖政建立之」とある。寛文十二年は1672年。聖政のあと、聖雄一代だけが彫り加えられている。

もう一つの位牌は、横二十センチ、縦七十センチ、厚さ一センチ余の板の位牌で、台にさし込んである。大分黒くなっているが、墨書した文字は読める。代々の住職名は、右から左へ、四列に記されている。いつ建立かは記されていないが、寛文ののちに造られたもので、さきの位牌の聖雄のあと、五代あとの覺辨まで書かれている。

歴代住職については、これらの位牌のほか、古い過去帳、遣状がある。歴代住職は次のようである。 明治以後再住がある。示寂の年月日ははぶいた。中興開山以後の世代である。
開山杲隣・中興一海のあと第一世秀源が霊夢により薬師如来を仏閣に安置、第五世高傳が薬師堂を再建、仏舎利一粒を不動明王胎内に奉納して鎮国利人を祈ったことはすでに述べた。
代々の住職はそれぞれ寺の記録、歴史の上に出て来るが、ここでは第十世實雄のことを記す。

古い過去帳には「法印實雄　元和四戊午二月二日　当寺住　八大坊開山」とある。遷化した元和四年は1618年、当寺住職で相州大山八大坊の開山と記す。寺の縁起には、
實雄法印は家康の時代に家康の厚遇を受け、その命によって大山寺の住職も兼任、妻帯の山を改めて戒律のきびしい山に立て直したと。

「日本仏教史八巻」（辻善之助著）には、
また『神奈川県の歴史』（神奈川県発行）には、古くからの大山信仰の由来を述べ、 とある。
高野山で学び、大山寺の中興開山になり、宝金剛寺の住職にもなっていることが分る。實雄は元亀三年（1572）師の第九世恵雄から宝金剛寺道場において両部の印可を受け、慶長十一年に遺状を受けている。

また實雄後の住職について、第十一世秀政法印以来、上意によって箱根山金剛王院別当となることが縁起に記されているが、金剛王院はさきの大山とともに関東古義真言宗の拠点となっていた。
縁起を裏付けるように、秀政についで十二世來雄・十三世快長・十四世聖政・十七世快?が箱根山別当、金剛王院住職となっている。

前項「寺院法度と本末関係」で、寛永九年から十年にかけて、末寺を書き上げて幕府に提出させた「諸宗本末帳」のことを記したが、内閣文庫に残るそのうちの「関東眞言宗古義本末帳」を見ると、相模・伊豆・武蔵・駿河・東上州・西上州・下野各国から提出された本末寺調べ書上げの最後に、「寛永十癸酉二月　日」として、責任者六ヶ寺の寺院名と住職名が記されている。
伊豆山・般若院、箱根山・金剛王院などとともに「国府津・寳金剛寺　秀政」の名が記されている。秀政は第十一世、広く宗内で重きをなしていたことが分る。歿年は慶安元戊子年十月十三日（1648）である。

これら歴代住職の墓は、その殆んどが当寺に建立されている。
またこれは住職の墓ではないが、裏山中腹の旧墓地には「建武五年戊?三月廿四日　沙弥法明建立」（1338延元三年）の阿弥陀三尊の種子を梵字で彫った板碑がある。「建武古碑」と呼んでいる。
また境内の無縁塔には應永十五戊子十一月十一日銘（1408）の宝篋印塔がある。